ในประเทศไทยมีมะนาวหลากหลายสายพันธุ์แต่ที่นิยมคือสายพันธุ์มะนาวแป้น ก่อนตัดสินใจจะปลูกมะนาวต้องศึกษาสายพันธุ์ให้ดีเพราะจำเป็นมากปลูกแล้วขายไม่ได้ตลาดไม่ต้องการก้อไร้ประโยชน์
##แป้นวโรชา = ลักษณะใบจะเล็กปานกลาง ลูกดกมาก 2,000 - 3,000 ลูกต่อต้น ถ้าปลูกลงดิน คุณสมบัติเด่นที่ไม่มีมะนาวสายพันธุ์เทียบได้เลยคือเปลือกบาง น้ำเยอะและมีกลิ่นหอมมากเป็นที่ต้องการของตลาดแต่มีข้อเสียคือไม่ทนต่อโรคแคงเกอร์
คุณสมบัติเด่น ที่ทำให้ชื่อเสียงโด่งดัง แม้ลูกจะเล็กแต่ก็ให้น้ำมะนาว ได้ทุกลูก
##แป้นรำไพ = ลักษณะใบจะเล็กปานกลาง หนามและข้อจะสั้น คุณสมบัติเด่นที่ไม่มีมะนาวสายพันธุ์เทียบได้เลยคือเปลือกบาง น้ำเยอะและมีกลิ่นหอมมากเป็นที่ต้องการของตลาดแต่มีข้อเสียคือไม่ทนต่อโรคแคงเกอร์
##แป้นพิจิตร = ลักษณะใบค่อนข้างใหญ่ สีเขียวเข้ม ออกลูกเป็นพวง จุดเด่นคือทนโรค การเจริญเติบโตของต้นเร็วมาก แต่มีข้อเสียคือเปลือกหนา เมล็ดเยอะ และน้ำไม่ค่อยมีกลิ่นหอมเมื่อเทียบกับรำไพ
ทำให้มีปัญหาช่วงมะนาวล้นตลาด แต่หากเป็นการทำนอกฤดูข้อเสียนี้อาจเป็นเรื่องเล็กน้อย
##แป้นดกพิเศษ = กลายพันธุ์มาจากแป้นรำไพโดยการเพาะจากเมล็ดทำให้ติดผลดกจนได้ชื่อว่าแป้นดกพิเศษ ผลมีเปลือกบาง มีเมล็ดน้อยและมีกลิ่นหอมเฉพาะตัว
##แป้นพวง = เป็นมะนาวอีกสายพันธุ์หนึ่งที่ได้รับความนิยมไม่แพ้แป้นรำไพ เนื่องจากออกลูกดกเป็นพวง เปลือกบาง น้ำหอมเช่นเดียวกัน เป็นที่ต้องการของตลาด สายพันธุ์ที่ขึ้นชื่อคือแป้นพวงบ้านแพ้ว
##ตาฮิติ,##ทูลเกล้าไร้เมล็ด= เป็นสายพันธุ์มะนาวที่มีความคล้ายคลึงกันมากบ้างก้อว่าพันธุ์เดียวกัน บ้างก้อบอกคนล่ะสายพันธุ์ แต่ที่เหมือนกันคือเป็นมะนาวที่ไม่มีเมล็ดและขนาดผลจะใหญ่มากเกือบเท่าลูกเทนนิส รสชาติเปรี้ยว มีกลิ่นหอมเฉพาะ ใบจะหนาทำให้ทนต่อโรคแคงเกอร์และแมลงมาก กิ่งมักโค้งงอและยาวเลื้อยตามหน้าดิน ซึ่งคาดว่าในอนาคตจะเป็นที่นิยมมาก และมีอีกสายพันธุ์ที่ไม่มีเมล็ดเหมือนกันคือน้ำเพชร และยังมีสายพันธุ์มะนาวแป้นอีกมากมายเช่น แป้นเกษตร,แป้นจริยา,แป้นแม่ไก่ไข่ดกหรืออีกสารพัดแป้น พึงระลึกยุเสมอว่าหากคิดจะปลูกมะนาวเชิงการค้าต้องคำนึงถึงตลาดต้องการ มะนาวดกทุกสายพันธุ์หากบำรุงต้นดี และได้รับธาตุอาหารที่เพียงพอ